目录：
实验室分析平台
为了充分利用实验室的计算资源，目前将所有的基础的计算和分析任务转向实验室的服务器，以校园网静态ip地址http://10.19.24.165，构建了2个主要的分析平台：RStudio-Server以及Jupyter Notebook。这可以减少对成员本地计算机的依赖。一些需要的数据、软件包都统一存储、安装和使用。
大型的数据计算任务则使用学校高性能计算平台
浏览器推荐使用谷歌浏览器。
- RStudio-Server请在浏览器输入http://10.19.24.165:8787/，然后用用户名与密码登录。主要用于R计算分析。
- Jupyter-Notebook请在浏览器输入http://10.19.24.165:8000/，然后用户名与密码登录。主要用于Python计算分析。
关于两个软件的使用请自查网络资料。新手推荐使用RStudio并通过创建Project来管理分析项目，安装软件请先请教他人。除了使用个人家目录，公共数据、软件和公开的分析笔记等请存储到/public目录下，该项目有说明文档，请阅读一下。
目前开通的账号：
- liuxs
- wx
- lhm
- wsx
初始密码为123，在终端中键入passwd即可修改密码。
实验室网站
仓库地址在：https://github.com/XSLiuLab/XSLiuLab.github.io，部署和维护请阅读README。
好用的脚本
解压
extract
把它放到系统配置文件中，如~/.bashrc、~/.zshrc等，加入内容
source ~/bin/extract
文件路径根据自己的设定更改。
下载组学原始数据
TCGA GDC数据中心
ICGC
EGA
组学数据预处理
为GDC组学数据构建软链接
by Shixiang Wang
DATE: 2019-02-25
该数据由gdc-client下载。
如果自定义，目前需要修改OUTPUT部分。这个脚本是比较粗糙初级的版本，后面的软链接构建脚本是在它基础上完成的。
为TCGA全基因组数据构建软链接
by Shixiang Wang
DATE: 2019-02-25
该数据由aws客户端下载。
一个使用示例：
./build_aws_links.sh ../repository_us-prad-wgs.tsv ~/biodata/icgc/prad-us/ ./PCAWG_TCGA_PRAD
TCGA数据处理
过滤重名Barcode
by Shixiang Wang
Github链接：https://github.com/ShixiangWang/Scripts/blob/master/TCGA_operation.R
利用Manifest文件转换TCGA ID
by Shixiang Wang
Github链接：https://github.com/ShixiangWang/Scripts/blob/master/TCGA_operation.R